La temporada 2011-2012 marcó un antes y un después para Atlético Paraná. Porque tras años de lucha en los torneos regionales, tuvo la primera experiencia en el antiguo Argentino B y la posibilidad de participar en los 32avos. de Final de la Copa Argentina, instancia a la que se clasificó tras superar a Jorge Newbery de Venado Tuerto, Atlético San Jorge y Gimnasia de Concepción del Uruguay. Jugó ante Banfield y vivió su debut en el cuadro principal. El presente lo tiene como protagonista de la B Nacional.

Dirigido por Edgardo Cervilla, Atlético Paraná llegó a la Fase Final de la primera Copa, y el 30 de noviembre de 2011, tuvo frente a frente al Banfield de Ricardo La Volpe, en el estadio 3 de Febrero, perteneciente a Almagro. El Taladro presentó una formación con muchos jóvenes del club, mechados con hombres de experiencia como Pablo Santillo en el arco y Jorge Achucarro en el sector ofensivo. Julián Guillermo y Alejandro Barbaro marcaron para el conjunto ganador, mientras que Fernando Benítez, quien fue uno de los goleadores de aquel certamen, anotó el descuento para el equipo entrerriano.

La temporada 2013-2014 fue para Atlético Paraná la del salto al Federal A. Luego, llegó otro año de grandes resultados y, por consiguiente, de un nuevo ascenso: esta vez, a la B Nacional. Y tras una buena tarea en 2015, afronta su segunda experiencia con el mismo entrenador con el que disputó la primera Copa (Edgardo Cervilla) y varios jugadores que afrontaron el partido ante Banfield (Fernando Benítez, Alexis Ekkert, Pablo Vercellino y y Pablo Lencioni, entre otros). Con una sola victoria en seis presentaciones, debe empezar a sumar puntos para evitar complicaciones con el promedio.

Además, al haber finalizado entre los 12 primeros de la pasada temporada de la B Nacional, Atlético Paraná volverá a disputar los 32avos. de Final de la Copa Argentina. Aunque esta vez, no como una de las sorpresas del Argentino B como en la edición 2011-2012, sino como uno de los protagonistas de la segunda división. El equipo entrerriano llegará al cruce por el torneo integrador con distinto roce y con la misma ilusión de siempre: vencer a un club de Primera y meterse entre los mejores de la competencia.