La Copa Argentina presenta un panorama curioso con relación a las actuaciones de Boca Unidos de Corrientes. Si bien mantiene un invicto de ocho encuentros (cuatro victorias y cuatro empates) en cinco participaciones, no superó los 16avos. de Final. Las definiciones por penales presentaron una barrera infranqueable para el Aurirrojo ya que marcaron el final de cada una de sus campañas entre las temporadas 2011-2012 y 2014-2015. Una ausencia de tres temporadas antecedió a su regreso, con un envión positivo generado por haber finalizado como el mejor equipo del Torneo Federal A en la instancia inicial. Pese a comenzar en desventaja el encuentro de ida de la Segunda Fase Preliminar Regional ante Crucero del Norte, se sobrepuso con un doblete de Martín Fabro y logró un triunfo por 2-1. Después, en la vuelta, ganó por 1-0 con otro tanto del ex Independiente y cerró el pase al cuadro principal. 

La columna vertebral del conjunto dirigido por Carlos Mayor está compuesta por futbolistas con experiencia en la máxima categoría. Alejandro Medina, quien supo destacarse en la Copa Argentina con la camiseta de Guaraní Antonio Franco y Atlético Mitre, defiende el arco; la línea defensiva está compuesta usualmente por Rolando Ricardone, Oscar Carniello y Leonardo Baroni, referente del equipo en el último tiempo; Gonzalo Ríos y Gustavo Mbombaj ocupan los carriles del mediocampo, con Martín Ojeda y Fabro como volantes centrales; el enganche es Gerardo Maciel y la dupla delantera la conformaban Nicolás Ledesma y Cristian Núñez hasta la lesión de meniscos del primero, reemplazado por Julio Cáceres. De hecho, el entrenador apostó por otro jugador con rodaje como refuerzo en la delantera: Antonio Medina, subcampeón de la competencia integradora con Rosario Central en la temporada 2013-2014, se sumó en este receso.

Antonio Medina fue finalista con Rosario Central y volverá a participar con Boca Unidos

Once victorias, tres empates y sólo dos derrotas le permitieron a Boca Unidos finalizar como líder de la zona 4. Esta situación lo posicionó en un sitio de privilegio para pelear por los dos ascensos a la B Nacional (accedió al grupo B de la siguiente instancia) y, además, le permitió comenzar su actuación en la Copa Argentina desde la Segunda Fase Preliminar Regional. La victoria en la serie ante Crucero del Norte lo clasificó por quinta vez a la Fase Final. El objetivo que tendrá este año en el certamen será mejorar su rendimiento más alto, que fue en la edición 2012-2013, cuando cayó por penales ante Independiente en 16avos. 

Los partidos de Boca Unidos en la Copa Argentina

Temporada 2011-2012

Boca Unidos 1 (5) - Central Córdoba de Rosario 1 (6) (32avos)

Temporada 2012-2013

Boca Unidos 4 - Crucero del Norte 0 (Preclasificación de la B Nacional)

Boca Unidos 1 - Jorge Gibson Brown 0 (24avos)

Independiente 1 (4) - Boca Unidos 1 (2) (16avos)

Temporada 2013-2014

Boca Unidos 1 (0) - Douglas Haig 1 (3) (32avos)

Temporada 2014-2015

Ferro 1 (5) - Boca Unidos 1 (3) (32avos) 

Temporada 2019

Crucero del Norte 1 - Boca Unidos 2 (ida de la Segunda Fase Preliminar Regional)

Boca Unidos 1 - Crucero del Norte 0 (vuelta de la Segunda Fase Preliminar Regional)