Quilmes se ganó su lugar en Primera y arrancará un nuevo ciclo en la categoría. Tendrá a Pablo Quatrocchi como técnico, después de la etapa de Ricardo Caruso Ricardo, quien colaboró para que el Cervecero no descendiera a la B Nacional. Con nuevas ilusiones, el equipo de Sur comenzará el semestre con la Copa Argentina Sancor Seguros, torneo en el que enfrentará a Banfield en los 16avos. de Final, en el estadio Padre Martearena de Salta, el lunes 21 de julio. Luego, llegará el debut en el Torneo de Transición ante Rosario Central.

La presentación de Quilmes en la Copa Argentina 2011-2012 fue ante Deportivo Riestra, el equipo de la Primera D que se transformó en una de las revelaciones de aquel certamen. Después de un 0-0 en los 90 reglamentarios, el Cervecero triunfó 5-3 por penales, en el estadio Bicentenario de Catamarca, por los 32avos. El segundo encuentro del equipo del Sur ocurrió en la misma provincia, pero frente a Atlanta, rival al que venció por 2-1, con los goles de Sergio Hipperdinger y Martín Giménez (Nicolás Torres en contra abrió el marcador para el Bohemio). La eliminación sucedió en los Octavos contra River, que ganó por 2-1 con los tantos de David Trezeguet y Daniel Villalva (Martín Cauterucció anotó el descuento), en San Juan.

Parecida fue la participación de Quilmes en la edición 2012-2013, sobre todo porque también fue eliminado en los Octavos. En su debut en los 24avos le ganó por 3-1 a Midland, en el estadio de Platense. Emiliano Carrasco, Fernando Telechea y Sebastián Romero anotaron los goles del triunfo, mientras que Cristian Campozano marcó el descuento para el perdedor. En los 16avos, el Cervecero volvió a ganar con contundencia, ya que derrotó por 3-0 en San Juan a Unión de Villa Krause, con los tantos de Cauteruccio en dos oportunidades y Facundo Diz. La derrota llegó en Chaco contra Estudiantes de La Plata, que se impuso por 2-1, gracias a las anotaciones de Duvan Zapata (Telechea puso el empate parcial).

Con varias incorporaciones como las de Brian Sarmiento y Nicolás Cabrera, provenientes de Ponte Preta de Brasil y All Boys, respectivamente, Quilmes arrancó la pretemporada con un técnico nuevo como Quatrocchi, quien supo vestir la camiseta del Cervecero entre 1994 y 1996. Ser protagonista de la Copa Argentina y del Torneo de Transición serán los principales objetivos de un equipo que renueva las ilusiones con vistas al segundo semestre de 2014.