Bajo la dirección técnica de Mauricio Pellegrino, Estudiantes de La Plata fue uno de los protagonistas de la Copa Argentina 2012-2013, ya que superó dos instancias y perdió en los Cuartos con All Boys por 1-0. Sus victorias fueron por 2-1 contra Atlético Tucumán y Quilmes, respectivamente. De esta manera, el Pincha mejoró su campaña en el certamen integrador con relación a lo hecho en la temporada 2011-2012, cuando venció a Unión de Villa Krause por 2-1 y luego cayó por penales en los 16avos. frente al semifinalista Deportivo Merlo.

En la presente temporada de la Copa Argentina, Estudiantes (LP) renueva sus ilusiones con Pellegrino como técnico. Su debut será ante Douglas Haig, que milita en la B Nacional, por los 16avos. de Final. El ganador de este partido se medirá en los Octavos contra el vencedor de Independiente-Belgrano. Los otros dos cruces que están en el cuadro del Pincha son Boca-Huracán y Banfield-Quilmes.

La primera presentación de Estudiantes (LP) en la Copa Argentina fue contra Unión de Villa Krause, por los 32avos. de la edición 2011-2012. En aquel encuentro, el Pincha perdía 1-0 con el gol de Silvio Molina, pero lo dio vuelta con los tantos de Sergio Modón y Guido Carrillo, quien es el actual centrodelantero titular del equipo. En la siguiente fase, los dirigidos en aquel entonces por Juan Manuel Azconzábal perdieron por penales con Deportivo Merlo, luego de un 0-0 en los 90 reglamentarios.

En la edición 2012-2013, Estudiantes (LP) debutó con un triunfo por 2-1 contra Atlético Tucumán, con los goles de Duvan Zapata y Maximiliano Núñez (Luis Rodríguez marcó el descuento). Por el mismo resultado, el Pincha venció a Quilmes en los Octavos, con dos tantos del mismo Zapata, quien actualmente juega en Napoli de Italia (el 1-1 parcial lo hizo Fernando Telechea). La derrota del conjunto platense llegó en los Cuartos ante el All Boys de Julio Falcioni. La anotación del club de Floresta fue de Nicolás Colazo, el mediocampista con presente en Boca.

Un semestre con triple competencia tendrá Estudiantes (LP) en la segunda etapa de 2014. Además de su participación habitual en el torneo local y de su debut en la Copa Argentina ante Douglas Haig, los dirigidos por Pellegrino protagonizarán el clásico platense contra Gimnasia, por la Segunda Fase de la Copa Sudamericana.