Bajo la conducción técnica de Gustavo Alfaro, Arsenal disputó hasta el momento dos ediciones de la Copa Argentina. En la temporada 2011-2012 perdió en su segundo partido ante Sarmiento de Resistencia por 2-1, mientras que en la 2012-2013 se consagró como campeón, después de su triunfo frente a San Lorenzo por 3-0. Luego del Mundial de Brasil, el conjunto de Sarandí, actualmente dirigido por Martín Palermo, tendrá su debut en los 16avos con la idea de empezar a defender el título obtenido en Catamarca.

El 29 de febrero de 2012, Arsenal tuvo su primera presentación en la edición 2011-2012 de la Copa Argentina. Con un resultado ajustado, los dirigidos por Alfaro dieron vuelta el partido y vencieron por 2-1 a Lamadrid, con goles de Víctor Cuesta y Sergio Sena (Gastón Viqueira abrió el marcador para el Carcelero), en el estadio Padre Martearena de Salta, por los 32avos. El segundo encuentro fue contra Sarmiento de Resistencia, en la cancha de Banfield, por los 16avos. Con los tantos de Neri Bandiera y Hugo Brizuela (Claudio Mosca marcó el descuento), el conjunto chaqueño ganó por 2-1 y eliminó sorpresivamente al club del Viaducto.

Arsenal volvió a jugar por la Copa Argentina en la edición 2012-2013. Su primer partido fue contra Santamarina, rival al que venció por 2-0, con goles de Nicolás Aguirre y Milton Celiz, en el estadio de Platense, por los 24avos. En la siguiente etapa, el conjunto de Sarandí se enfrentó con Platense, en la cancha de Banfield. Los tantos de Guido Rutili en contra, Darío Benedetto y Carlos Carbonero le dieron la victoria al club de Primera (Sebastián Matos hizo el descuento para el Calamar). Luego de haber superado la campaña de la pasada temporada, los dirigidos por Alfaro se midieron con Independiente, en Catamarca, por los Octavos. El mismo Benedetto selló el triunfo por 1-0, sobre el cierre.

En los Cuartos de Final, el rival de Arsenal fue Godoy Cruz. El partido se disputó en el estadio San Juan del Bicentenario, donde el conjunto del Viaducto volvió a triunfar por 1-0. El gol lo hizo Mauricio Sperdutti, a los 30 minutos del segundo tiempo. La Semifinal fue la instancia más difícil para los dirigidos por Alfaro, ya que tuvieron que definir la clasificación en los penales, luego de un 1-1 contra All Boys (tantos de Milton Caraglio y Jonathan Calleri), en los 90 reglamentarios. El conjunto de Sarandí obtuvo la victoria por 5-4, en San Juan, y accedió a la Final.

En el partido decisivo, Arsenal tuvo la mejor actuación de su campaña en aquella Copa Argentina. Con un contundente 3-0 (goles de Nicolás Aguirre, Mariano Echeverría y Emilio Zelaya), superó a San Lorenzo en Catamarca y se consagró como campeón de la edición 2012-2013. Sin Alfaro y con Palermo en la dirección técnica, el conjunto del Viaducto disputará la temporada 2013-2014 del torneo integrador a partir de los 16avos, instancia que comenzará después del Mundial.