La relación de Villa Cubas con la Copa Argentina mejoró a medida que transcurrieron las distintas ediciones. Después de perder con Atlético Policial en el debut de la temporada 2011-2012, elevó su performance en la edición anterior: venció a San Lorenzo de Alem, se tomó revancha del clásico y cayó dignamente contra Gimnasia y Tiro de Salta. Superior aún es la actuación en la presente temporada, ya que el conjunto catamarqueño es el único clasificado del Argentino B a la Fase Final I.

El estreno de Villa Cubas en la Copa marcó un nuevo clásico contra Policial, en el estadio Bicentenario. Después de 70 minutos cerrados y sin emociones, Miguel Rizzardo y Rafael Sosa desequilibraron el marcador en favor del León del Altiplano. El siguiente partido, ante Mitre de Salta, se dio con un desarrollo inverso: rápido gol de Esteban Valatkevicnis y solidez para aguantar la diferencia. La misma fortaleza defensiva fue exhibida en el encuentro frente a Talleres de Perico, que finalizó con una igualdad sin tantos y se definió con un 6-5 en la serie desde los doce pasos.

En la Fase Inicial Regional II, se dio otro cruce provincial. Unión Aconquija fue el rival de un partido que incluyó una etapa inicial interesante y plagada de emociones: finalizó 2-2, con los cuatro tantos convertidos en los 25 primeros minutos de juego. Posteriormente, Nery Sigampa logró una nueva ventaja para los dirigidos por Roque Ferreyra, que sentenciaron el cruce a través de una definición de Sosa en tiempo adicionado.

Central Córdoba, en Santiago del Estero, era el rival que debía superar Villa Cubas para hacer historia y meterse en la Fase Final I por primera vez. Valatkevicnis, goleador del equipo en el certamen, abrió el marcador con un desvío en el segundo palo. Pero, el empate de Ramón Moreno llevó el encuentro a una dramática definición por penales. Allí cobró importancia la figura de José Mancinelli, el arquero del equipo rojiblanco, que tapó dos remates y convirtió el último para asegurar la clasificación. El abrazo final entre titulares, suplentes, cuerpo técnico y allegados resumió la alegría generada por tamaño logro.

La irregularidad en el torneo Argentino B, donde consiguió un solo triunfo en 13 presentaciones y ubica la penúltima posición de la zona 3, contrasta con la etapa gloriosa en la Copa. De todas maneras, la victoria reciente ante Sportivo Fernández (2-1), aumentó sus chances de permanencia en la categoría. Unión Santiago (visitante), Unión Aconquija (local) e Instituto Deportivo Santiago (visitante) son sus rivales en las últimas tres fechas. Actualmente en zona de descenso, Villa Cubas necesita superar a un equipo en la tabla para evitar el descenso: el más cercano es Atlético Policial, que lo supera por un punto.

Entre 136 equipos del Argentino B que participaron de la presente Copa, Villa Cubas fue el único que logró acceder a la Fase Final I. Al margen del conjunto catamarqueño, la Fase Inicial Regional III deparó las clasificaciones de Santamarina, Chaco For Ever, Gimnasia de Entre Ríos, Juventud Unida de San Luis y Cipolletti de Río Negro.